Территориальный орган Росздравнадзора по Новосибирской области организован в 2004 году. 

Территориальный орган Росздравнадзора по Новосибирской области был создан на основании приказа Министерства здравоохранения и социального развития  Российской Федерации от 22.11.2004 № 205 "Об утверждении положения о Территориальном органе Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по субъекту Российской Федерации".

Основные полномочия Территориального органа по Новосибирской области: контроль и надзор в сфере здравоохранения на территории Новосибирской области.