Перед органами специальных перевозок стоит ряд важнейших задач, решение которых составляет основу деятельности:

1. Планирование, организация, оперативное управление и учет воинских и специальных перевозок МВД России, а также контроль за осуществлением этих перевозок. Осуществляется контроль за продвижением по железным дорогам всех воинских эшелонов, воинских транспортов и команд, обеспечивая при этом их первоочередную погрузку и доставку по назначению.
2. Проведение единой технической политики в развитии и оснащении промышленного железнодорожного транспорта МВД России и учреждений уголовно-исполнительной системы. Сотрудники участвуют в обучении личного состава органов внутренних дел и военнослужащих внутренних войск МВД России правилам перевозок железнодорожным, водным и воздушным видами транспорта, принимают участие в разработке законодательных и иных нормативных правовых актов Российской Федерации, МВД России по вопросам работы промышленного железнодорожного транспорта, организации и обеспечения воинских и специальных, а также иных перевозок.
3. Планирование и осуществление совместно с ОАО «Российские железные дороги», Центральным управлением военных сообщений Министерства обороны, Федеральной службой исполнения наказаний Российской Федерации, органами внутренних дел и подразделениями внутренних войск Министерства внутренних дел Российской Федерации перевозок на мобилизационный период и в военное время, а также эвакуационных мероприятий по линии гражданской обороны.
4. Планирование, организация, контроль специальных и иных перевозок Федеральной службы исполнения наказаний Российской Федерации. Во исполнение данной задачи на Службу возложено решение вопросов по приобретению, содержанию и эксплуатации специальных вагонов для перевозки осужденных и лиц, заключенных под стражу.
5. Производство централизованных расчетов с органами транспорта за перевозки в интересах МВД России по воинским перевозочным документам и аренду (фрахт) перевозочных средств.