"Музей Новосибирска" имеет 10 отделов в восьми районах города.
Деятельность музея направлена на работу с посетителями как в стенах музея, так и за их пределами. 
Сотрудники музея создают постоянные уличные выставки на шести площадках, открывают 10 выставок в метрополитене ежегодно. Проводят круглогодичные экскурсии по городу: 34 пеших, речных и "теплых" зимних маршрута. Участвуют в восстановлении объектов культурного наследия. Проводят масштабные городские акции, такие как "Ночь музеев", "Свеча памяти", квест "Музей для всей семьи". Вносят информацию в фонд "Мемориал Славы новосибирцев". Встречаются со старожилами города и знаменитыми новосибирцами, чтобы записать их воспоминания и взять интервью. У музея есть канал на YouTube с одноименным названием. На канале можно увидеть фильмы "Прогулки по Новосибирску", "Невозможные экскурсии" и другие проекты музея.